Bencana melanda ketika dalang kriminal mengungkapkan identitas semua agen rahasia yang aktif di Inggris. Dinas rahasia sekarang hanya dapat mengandalkan satu orang – Johnny English. Saat ini mengajar di sekolah persiapan kecil, Johnny kembali beraksi untuk menemukan peretas misterius itu. Agar misi ini berhasil, dia akan membutuhkan semua keahliannya – hanya sedikit yang dia miliki – saat pria dengan metode analog kemarin berhadapan dengan teknologi digital masa depan.