Thomas memimpin kelompok Gladers yang melarikan diri dalam misi terakhir dan paling berbahaya mereka. Untuk menyelamatkan teman-teman mereka, mereka harus masuk ke Last City yang legendaris, labirin yang dikendalikan oleh WCKD yang mungkin berubah menjadi labirin paling mematikan. Siapa pun yang berhasil keluar hidup-hidup akan mendapatkan jawaban atas pertanyaan yang diajukan para Glader sejak mereka pertama kali tiba di labirin.